Спасский монастырь был основан во второй половине XII века. Он встал у главной переправу через реку Которосль, охраняя подступы к городу.
В мае 1609 г. Спасо-Преображенский монастырь выдержал 24-дневную осаду вражеских войск, а в 1612 г. здесь располагался центр дружин Минина и Пожарского, проводились торжественные молебны и освящались полковые хоругви перед походом войска на освобождение Москвы. Весной 1613 г. новоизбранный царь Михаил Федорович Романов, направляясь из Костромы в Москву, прожил некоторое время в Спасо-Преображенском монастыре, направив отсюда свою первую царскую грамоту о согласии на принятие царского венца.
В 1787 г. монастырь был упразднен и превратился в резиденцию ярославских и ростовских архиепископов.
В Спасском монастыре хранилась богатейшая библиотека русских и греческих рукописных книг, а также старопечатных книг. Именно здесь на рубеже 18-19 веков был обнаружен список древнерусской поэмы «Слово о полку Игореве», опубликованный А. И. Мусиным-Пушкиным.
